ここは、忍者の子孫たちがひっそりと暮らしている甲賀シティ。甲賀忍者で高校生の咲耶は、忍者なのにとにかく目立ちたい女の子！友だちのネム、シャオランといっしょに、「忍ばない毎日」をすごしていました。しかしある日、初任務先でそうぐうした事件をきっかけに、三人は大きなたたかいへとまきこまれてしまいます―。