「君が解くべき虚構の謎を追い求めよ」ドクター・ハートレスの手がかりを求め、グレイの故郷を再び訪れたグレイとエルメロイＩＩ世。村で再会したアトラス院の院長・ズェピアにハートレスについて問いただすが、答えが得られないまま「アトラスの兵器」の一つが起動したと言われ−−。