松平定信の私邸で催された百物語の会。百話目が語られる目前、語り手の廻船問屋・海原屋のやり手主人が無惨に殺された。翌々日、今度は改めて百話目を語ろうとした参加者の版元主人が遺体で発見される。二つの遺体に残されたドクロと×印は何を意味するのか。南町奉行・根岸肥前守と仲間たちが語られなかった百話目を追う。