江戸に麻疹が襲い掛かった。蛇杖院近くの手習所には、赤い斑や高熱に苦しむ子供たちの姿が。見習い医の長山瑞之助は、“穢れ”の見える拝み屋・桜丸の指揮の下、懸命に治療にあたる。ところが桜丸が倒れ、長山家でも麻疹に罹る者が出た。家族と深い溝のある瑞之助だったが、これを機に母や兄と向き合うことに。一方、麻疹流行で権威と金を振りかざす勢力が暗躍し…。