大賢者の能力を宿したまま、赤ちゃんに転生したアリストテレウス。仲間たちと共に魔剣の行方を追い、魔剣が封印されていたという海底神殿を目指していた。だが旅の途中、エルフの少女・リューナと出会い、聖樹ハイフォードが“動く巨木”によって滅びの危機にあることを知る。彼らは魔導飛空艇セノグランデ号に乗り込み、厄災の迫る聖樹へと向かう…！！レウスたちと魔導船がたどり着く先に待つのは、聖樹の救いか、それとも−−。