季節は移り替わって、二〇九六年七月。司波深雪たちは二年生へと進級し、九校戦への準備に追われていた。しかし、「競技内容の半分を変更」という運営からの突然の通達により魔法科高校は大混乱！　同じく急な変更に頭を悩ませていた三高の一色愛梨たちは、情報収集も兼ねて、九校戦の作戦を練るのに適した設備がある金沢の研究所へ光井ほのかと北山雫を招待する。だが、一行は研究所へ入ろうとしたところで反魔法師団体のデモ隊と鉢合わせてしまう。しかもデモ隊はあるひとりの女の子を追い詰めており……。