サイバートロンの伝説に名高い「ナイツ・オブ・サイバートロン」の行方を求め、母なる星を旅立ったロディマスと２００余名の同志達。しかし出発早々、量子発生器の不調で予定航路を外れた彼らの宇宙船ロスト・ライト号は、名もなき惑星に不時着する。事故による仲間達の死、長らく生死不明だったスキッズとの再会、怪物「スパークイーター」の出現、医療基地「デルファイ」での騒動…。出足からつまずいたロディマス達の旅路に次々と降りかかる困難の数々、果たして次に彼らを待つものとは…。注目の「ＤＪＤ」ことディセプティコン司法局が登場！