あまえんぼうのマーニも、小学３年生になると、大人になるために乗りこえていかなければならない問題に直面しはじめますが、そのたびに、つまずいてしまいます。そんなマーニの前に姿をあらわしたのが黒板の妖精インゴとインディ…。インゴとインディを通じて、保健室の不思議な人形たちと出会ったマーニは「大丈夫の魔法」を見つけながら成長していきます。そんなマーニが思いえがく将来の夢は…？