ニュージーランド沖合での深海調査「タイタンプロジェクト」に参加した海洋生物学者のフィービー・リードは、新種と思われる巨大サンゴを発見する。しかし、プロジェクトは頻発する地震に悩まされていた。一方、香港滞在中に大地震に見舞われたシグマフォースのグレイ・ピアース隊長たちは、ペインター・クロウ司令官から中国の原子力潜水艦が行方不明になり、その場所が頻発する地震の震源が集中するトンガ海溝付近だと知らされる。グレイたちは中国の不審な動きを追うため、シンガポールの博物館に赴く。地震の調査のため深海探査艇でトンガ海溝に潜ったフィービーたちは、見たこともないような巨大なサンゴの森を目にする。だが、タイタンプロジェクトたちには地震とは別の危険が迫りつつあった。