マリアナ達と安らぎの時間を過ごし、次の目的地「日之本委員会」の現代技術研究所へと出発したミラ。新装備を作ってもらう代わりに超希少素材を渡すと職人達は大盛りあがり。装備が完成するまで暇を持て余したミラは、研究施設を見て回ることに。だが、その途中で何やら大騒ぎしている集団に遭遇する。なんと、セロが語っていた噂話の一つ『海賊の幽霊船』が現れた！？調査隊とミラはロマン溢れる大海原へと乗り出す！果たして、幽霊船の正体にたどり着くことが出来るのか…！？