巨大隕石が降り注いで５秒…地球は滅亡した！―と、次の瞬間、高校生の久遠空也はベッドの上で目覚めた。今のは夢！？だけどやけに生々しい…。ベッドの隣には冷めた目のヌル香。「なにやってるんです？しっかりしてください」彼女はため息混じりに説明する。空也はかつて星間諜報局の敏腕エージェントだったが、世界線混淆機なるものを起動させたことで記憶を失い、地球人の高校生になったというのだ。「緊急措置としてついでに時間も遡りました。隕石が再び落ちてくる二日後までにこの状況をなんとかしてください」「…ってどうしろと！？」