関白・秀吉の命により、瀬戸内海で発生している“幽霊船事件”の調査に当たることになった高杉一郎太とその仲間達。事故現場の探索や目撃者の聞き取りを行うものの調査は難航を極めていた。そんな折、一郎太たちが乗る船は謎の船の襲撃を受け、倒したはずの男―越智玄養斎と再会する。“幽霊船事件”が越智玄養斎によるものだと推測する一郎太たちに、悲劇は容赦なく襲いかかり、九尾山城以来の仲間であり、一郎太が未来からきた人であると知る唯一の女の子―麗が帰らぬ人となってしまう。悲しみを堪え“幽霊船事件”解決に臨む一郎太の元に、毛利領を調査していた真田家のくノ一・風葉が訪れ、「毛利に不穏な動きあり」と告げる。密談に忍び込んだ一郎太は、坂本龍馬の変名「才谷梅太郎」と名乗る男が口にした驚くべき言葉を耳にするのだった…。