黒い霧から東京を解放すべく活動を続ける一輝、遙、理沙ら。そんな三人の耳に入ったのは、黒い霧と戦うための帰還者たちの最大組織「東解委」の主力遠征隊が何者かの襲撃を受けたこと、そして襲撃したのが死んだはずの遙の姉である久遠であるという情報だった。かつての想い人の名に動揺する一輝。時を同じくして、混乱する「東解委」が拓海淳という謎の男の手中に落ちる。新たな「東解委」のリーダーとなった拓海淳は、別行を取る一輝たちの殲滅を計る。一輝たちはこの危機を乗り越えることができるのか。そして、一輝たちの前に立ちふさがる久遠の正体は？！