京都の山科研究所に勤務するバイオテクの専門家、小此木陽子が行方不明になった。捜査願いが出され、京都府警が動き出したが、一人は轢き逃げ、一人は水死、最後の一人は斬殺体で発見された。世間の裏側の闇次元に蠢く悪と戦うための戦闘ロボット『裏刑事』宮島達夫は、警視庁本庁捜査一課の秘密指令によって単身、惨劇の続発している京都に赴く。