西暦２０１１年、品質改良によって発生したウイルスにより、人類の９８％が死滅。科学者トレバー・グッドチャイルドの開発したワクチンによりかろうじて人類は滅亡の危機を回避できた。以降、人類は汚染された外界と壁で隔てた都市ブレーニャで、救世主の子孫トレバー８世を君主に、トレバーの弟オーレンと科学者たちで成り立つ政府に厳しく律されながら暮らしている。そんな中、反政府組織「モニカン」は地下活動を着実に進めていた。イーオン・フラックスも「モニカン」の優秀な戦士の１人。ある日イーオンに、いよいよ君主暗殺の指令が組織より下る。しかし、トレバーに銃口を向けたまさにその瞬間、イーオンの脳裏に、敵であるはずの君主トレバーとの一片の愛の記憶が蘇る。混乱するイーオンは撃てないまま、捕えられてしまう。果たして、イーオンとトレバーの真の関係とは？トレバーの行っている極秘の研究とは？謎と興奮に満ちたＳＦミステリーアクション。