ニンジャが出て殺す！ ニンジャ抗争で妻子を殺されたサラリマン、フジキド・ケンジ。 彼自身も死の淵にあったそのとき、謎のニンジャソウルが憑依。 一命をとりとめたフジキドは「ニンジャスレイヤー」――ニンジャを殺す者となり、復讐の戦いに身を投じる。 そして、ついに宿敵ソウカイヤの親玉ラオモト・カンを打倒。 積年の復讐を果たしたと思ったそのとき、彼の前に新たなニンジャ組織、ザイバツ・シャドーギルドが現れたのである。 ニンジャスレイヤーの死闘はまだ終わらない。 走れ、ニンジャスレイヤー、走れ!