それは簡単な任務のはずだった…。未知の生物を求め、調査遠征隊が謎の島に潜入する。しかし、そこは人が決して足を踏み入れてはならない島―髑髏島（ドクロトウ）だった。爆弾を落とし、気軽に調査を開始した隊員たちの前に突如として姿を現す、島の巨大なる守護神“コング”。巨神の圧倒的なパワーの前に唖然とする隊員たち。骸骨が散らばる島の岩壁には血塗られた巨大な手の痕跡までもが…。だが、悪夢はそれだけではなかった。彼らの前には、謎の怪獣たちが次々と現れる。逃げても、隠れても、容赦なく襲いかかる怪獣たちを目の前に人間は虫ケラに過ぎず為す術もない…。絶体絶命、待ったなしの猛襲が続く中、やがて明らかになる髑髏島の秘密―。果たして、コングは人類にとって悪魔なのか、神なる存在なのか―。人類は生きて、この島から脱出できるのか―。