変わり者として評判の公儀学問所の教授・伊能小五郎。幕府の筆記試験を特等で合格し、稀代の天才ともてはやされたものの、旧態依然とした幕府の学問界に嫌気がさし、ひとり最新の蘭学にのめりこむ、まさに孤高の天才…いや、かなりの変人であった。そんな小五郎、学問漬けの静かな暮らしを送っているかと言えば、そうでもない。なにしろ、幼馴染の腐れ縁である吟味方与力・深津剛次郎が、難事件が起きるたびに、小五郎の助けを借りに泣きついてくるのだ。なかなか隠遁生活を送れぬ小五郎であったが、その心の底には、不可解な謎に対する興味と、許せぬ悪を裁く正義の信念が眠っているのであった。天才学者の捕物帖、シリーズ第二弾！