理科の実験で事件を解決。仲間と一緒に謎の解明を！サイエンス探偵団のまどかと祐太郎、結衣の前に人気アイドルの忍び坂４７のエリカが転校してきた。彼女はアイドルだけでなく伊賀忍者の末裔だった。先祖が残した巻物の秘密とは！？科学の知識でその謎を解き明かせ！！

第１話　アイドルは忍者の末裔！？（実験　隠し文字をつくろう１）
第２話　金田一家のひみつ（工作　折り紙手裏剣をつくろう）
第３話　忍者屋敷の謎（工作　潜望鏡をつくろう
工作　方位磁針をつくろう）
第４話　忍者屋敷からの脱出（工作　ペットボトルロケットを飛ばそう！
実験　磁石をつくろう）
第５話　真犯人はだれだ！？