幕末の京都。まるで言うことを聞かない新選組立て直しのため、英国から来国した幼き天才錬金術士モルガナが選んだ道は、剣・棒・柔術を極めた剣聖で、天然理心流剣術２代目宗家たる近藤三助の復活だった。