“公理教会”の象徴である白亜の塔“セントラル・カセドラル”。隔離された大図書室の賢者“カーディナル”の助けを借り、ユージオは整合騎士となってしまったアリスを“本当の姿”に戻すため、キリトはこのアンダーワールドの消滅を回避するため、最高司祭“アドミニストレータ”の待つカセドラル最上階、一〇〇階を目指す。そして到達した九十九階。キリトとアリスの前に現れたのは、整合騎士の鎧に身を包み、瞳に冷たい光を浮かべたユージオだった。躊躇いなく剣を抜くユージオを、やむなく迎え撃つキリト。旅立ちの日、遠い雷鳴に感じた戦いと別離の予兆は真実となってしまうのか。キリトの必死の呼びかけは、記憶を封じられたユージオに届くのか。アリシゼーション・人界編、完結！