間一髪で脱出できた花たちに、謎の一団が…冷凍保存によって、未曾有（みぞう）の大災害から人類の種を残すため、実行された7SEEDS（セブンシーズ）計画。地獄と化した地球に蘇った若者たちは、生存者を探す旅の途中、廃墟となった巨大シェルターを発見する。そこに残された日記によって、シェルターの全滅を知った彼等に、謎の一団の影が忍び寄って……!?