ホッキョクグマの赤ちゃんの名づけ親として、動物園に招かれた少年探偵団のメンバーたち。しかし、そこでまたしても事件が！（ＦＩＬＥ．１『犯人はカモノハシ！？』より）。コナンと一緒に事件を解決しながら、理科の授業で役立つ動物の知識を身につけよう。

１　犯人はカモノハシ！？
２　消えたトイプードルの行方

一日飼育員に任命され動物園に向かうコナンと少年探偵団たち。そこでまたしても事件は起こった。動物に関する知識を駆使して、事件の解決に挑む。