一人暮らしの老人・小菅信一郎が失踪。その後遺体となって自宅マンションで発見された。死因は溺死で殺された可能性が高いという。息子の明は、信一郎を訪ねてきた若い女性・平川彩乃の話から、生前の父の足跡を追うべく愛媛の下灘駅に向かう。その瀬戸内海を望む駅で、父が死の前に「海の宝石」と呼ばれるものを撮影していたことを知る。一方、事件を追う十津川警部は、ある男が事件に関わっていることに気づく。男をマークして捜査を続けるなか、突然その捜査を中止するよう命令が下る。一体彼は何者なのか―襲い掛かる黒い策謀に、十津川が敢然と立ち向かう！