サンダーボルト宙域での再激突で、南洋同盟は地球連邦軍に大敗。多数の避難民を乗せて逃走するカウフマンは、中立コロニー・サイド6に難民としての保護を求める。しかし彼らの存在を把握した連邦が攻撃を開始。圧倒的劣勢のロシナンテ号、絶体絶命のその時……ダリル操るパーフェクト・ガンダムとフラウ・ブロが現れ、一気に形勢逆転。サイド6への亡命が叶った。その頃、連邦軍は月に向かい、アナハイム・エレクトロニクス社の中枢があるフォン・ブラウン市に到着。そこでイオは新たな使命を…!?