対話不能の異性物ガウナに太陽系を滅ぼされた人類の一部は、巨大宇宙船シドニアによって逃げのびていた。ガウナとの連戦の果て、シドニアは防衛の要たる衞人部隊の大半を失ってしまう。エースパイロットに成長した谷風長道は、強力な戦力を持つ「融合個体」白羽衣つむぎの捨て身の援護を得て、ガウナの拠点「小シュガフ船オカリナ」を撃破する。一方、独裁体制を確立した艦長は、レム恒星系における「大シュガフ船」との大戦争を決定！　長道は、友人・科戸瀬イザナとともに、純粋な心を持つ「つむぎ」との交流を深めていく。エースパイロットに成長した谷風長道は、友人・科戸瀬イザナとともに、純粋な心を持つ「融合個体」白羽衣つむぎとの交流を深めていく。一方、「不死の船員会」のメンバーを抹殺して独裁体制を確保した艦長は、レム恒星系における「大シュガフ船」との大戦争を決定。ついに、イザナを含む偵察部隊が惑星ナインに向けて出撃する！