大量の新生物を引き連れ、連合国首都『アイギス』へと向かう仮面の男を止めるため、『レイル川挟撃作戦』を実行したダーウィン機関ユーリ隊。謎の霧によって、ハンニバル隊との連絡が途絶える中、発生源を突き止めたセン達だったが、霧を発生させていた新生物は攻略法のわからない“新種”だった！　水でできた体には一切の攻撃が通用せず、劣勢に追い込まれてしまうセンとティオ。“新種”の恐るべき力に対抗する術は!?