天空から飛来した侵略者・アルデヒトにより、人間の大地は蹂躙された。人間たちは生きた機械・クチュールマタを戦力に抗戦する。“救世主”と呼ばれたクチュールマタの少年・リュトは、調整のためコールドスリープに入る。そして彼が再起動した時、世界の様相は一変していた―。大地はヘドロに覆われ、“地球人”として超巨大な樹木の上で暮らすアルデヒトたちは、自分たちが外来種であることすら忘却していた。地球に何が起きたのか。人間はどこへ消えたのか。リュトは自らを掘り出した考古学者の少女・ニナとその助教・アイルにいざなわれ、発掘調査に繰り出す！救世主パワーで土を掘り、失われた三千年の真実を暴く考古学ファンタジー！！