船旅で出会った奏と花梨を送り届けるため、侍達の住まう和風国家・ヒノモトへと上陸したシン。病魔に蝕まれる奏の姉を救うべく、希少な薬草を求めて霊峰フジへと向かうシン達だが、謎の靄に包まれたフジの山頂には、ゲーム時代にシンが苦戦した強敵が待ち受けており−−！？