戦時抵抗を貫いたキリスト教知識人のミッションとは何だったのか。内村鑑三門下の無教会キリスト者、新渡戸稲造門下の植民政策学者にして、東大総長などを歴任した公共的知識人。その多面的な相貌と生涯を、預言者意識、「キリスト教ナショナリズム」、天皇観などに着目し、従来の矢内原像を刷新する新しい視点から描く。

第１章　無教会キリスト者の誕生―一九一〇年代（生い立ち
新渡戸稲造と内村鑑三
信仰、学問、交友
住友・別子銅山）
第２章　植民政策学者の理想―一九二〇〜三七年（東京帝国大学
植民政策学
帝国の理想―朝鮮と台湾
国際平和の理想―満洲と中国）
第３章　東京帝大教授の伝道―一九三〇年代の危機と召命（帝大聖書研究会
マルクス主義とキリスト教
無教会伝道
二・二六事件と天皇）
第４章　戦争の時代と非戦の預言者―一九三七〜四五年（矢内原事件
無教会の雑誌・結社・ネットワーク
預言者的ナショナリズム
全体主義とキリスト教）
第５章　キリスト教知識人の戦後啓蒙―一九四五〜六一年（日本精神の転換
平和国家の理想
人間形成の教育
東大総長の伝道）