勉学、部活にアルバイトと女子高生生活に邁進する加藤茉莉香は、ある日父の死を告げられる。すでに死んだと思っていた父の正体、それは「宇宙海賊船・弁天丸」の船長だった。独立戦争のどさくさで発行された私掠船免状の継続のため、船長の直系の継嗣、つまりは茉莉香が海賊船長になることに！？