旗本木島新太郎は、若年寄・京極備前守から直々に極秘のお役目を命じられた。江戸城の書物庫の奥深くにある座敷牢に閉じ込められた謎の人物『御厄介様』を警護する御文庫奥書院番である。御厄介様は何者なのか、なぜ座敷牢に幽閉されているのか。疑問を胸に抱きつつ、新太郎は御厄介様に頼まれて、江戸城内外で起きた奇妙な事件の調査を行うが…。