異星人との戦いを経て地球に生還したリリアンは、その功績から駆逐艦セネカの艦長となり任務に当たっていた。セネカで宇宙海賊の討伐中、現れたのは姿の見えない海賊戦艦！？　不可視の戦艦によって帝国軍艦隊は為す術もなく壊滅。未来の知識にも存在しない、失われた技術（ロストテクノロジー）を搭載した戦艦に対し、リリアンはセネカの乗員となったステラやティベリウスの戦友達と立ち向かう！　激しい戦いの末、リリアンは歴史の闇に消えた存在と邂逅する−−。