京都での戦いを経て、共に生きると誓った己道とメスティーは魔術を取り戻すべく旅に出る。さらに天才剣士・沖田総司も加わり三人で旅をする中、異国より漂流した女性と出会い―「あの島にいる…お母さんに会いに行くんです」ミルトリア・フランケンシュタインと名乗るエルフとの邂逅、そして『黄金の魔術師』サンジェルマン伯爵の襲来から新たな戦いの幕が上がる。立ち塞がるのは“人造エルフ”として現世に蘇った死者―ジャンヌ・ダルク、柳生十兵衛、上杉謙信。戦いの中、秘められた悲しい過去に己道とメスティーは相対する―新時代のボーイ・ミーツ・ガール第二弾！