マルタ島の激戦から数日。そこで浮き彫りになったネウロイの不可解な出現パターンから、サハラ砂漠を突破して襲来している可能性が浮上する。この危険性に、各国が連携し大規模な偵察作戦を展開。次々と届く情報の断片からケイが大型ネウロイの新たな進化に気づいた時、最悪の場所が襲撃されるのだが―「ふん、地味な戦いに飽きてきた所だ」。待望の外伝第３弾、アフリカの空が戦火に染まる時、マルセイユが最高の輝きを放つ！