並行宇宙で天永紗耶香を救い出した星宮勇輝。しかし元の世界＝ゼロ宇宙に戻った勇輝は、並行宇宙で紗耶香を救うことで元の世界に歪みが生じてしまうことを知り、苦悩する。そんな勇輝の前に謎の少女・神崎燕が現れ、勇輝を燕にとってのゼロ宇宙へと連れていく。しかし、目の前に広がっていたのはまるでこの世の終わりのような光景だった。明かされる燕の秘密、そして“矛盾論理”の真の目的を知ったとき勇輝は―！？