夢幻都市イデアの迷宮化を食い止めた遙斗たちの前に、特務機関ムラサメに所属する創成士・真冬が現れる。真冬はすべての迷宮を司る“始まりの迷宮”を攻略するため、協力を求めてきたのだ。彼女の導きのもと、ついに“始まりの迷宮”に侵入した遥斗たちは、ムラサメの総攻撃に合わせて進撃を開始する。だが同じ頃、迷宮内では“七人の革新者”による恐るべき計画が始まろうとしていた―激化する人類ＶＳ電脳迷宮の闘いの行方は！？