「一航戦、赤城、出ます！」「加賀、続く！」本日も鎮守府の艦娘たちは出撃、演習、遠征に明け暮れていた。しかしある日を境に、遠征先の海域に、通常よりも精強なエリート級の深海棲艦が出現する現象が発生！事態を重くみた提督は、南方海域にある深海棲艦の泊地に原因があると考える。そして鎮守府すべての艦娘を動員する総力戦を決意するのだが！？「人々が自由に海を行き来できる未来を―」艦娘たちの熱き艦隊バトルが開幕！