“ＥＯＭ”が支配する“臨界区域”に戻ってきた蓮次と叶方。しかし、救務庁の待ち伏せで叶方が人質に！人気アイドルという正体がバレたうえに、命の危機にも晒される叶方。だが、蓮次を狙う“金色の糸”の襲撃で状況は一変し！？同じ頃、別の場所では“上級者”の精鋭・人工衛星ヒマワリと、二刀流の剣士・魚瀬鞠緒が動き出す。さまざまの想いが交錯するなか、蓮次と叶方は宿敵“ハーメルン”を倒し、大切な人たちを取り戻せるか！？