タンカー沈没により汚染されたニューヨーク湾の除染施設ビッグ・シェルが、テロリストに占拠された。首謀者はソリッド・スネーク、人質は米大統領。単独潜入を命じられた新兵雷電は、想像を絶する陰謀に阻まれる。真の敵は英雄ソリッド・スネークなのか、前大統領ソリダス・スネークなのか。地獄巡りの果てに雷電が知ったのは、国家をも否定するシステムの存在だった。マンハッタン島に、新たなグラウンド・ゼロが出現する。