新暦３０７年、世は人類退廃の時代。東京開拓部隊の茅原那姫は、この星を支配する環境制御塔で発見された青年・東雲一真と出会う。しかし記憶なし、常識なし、経歴不詳な一真に振り回されて！？やがて全ての秘密が明かされた時、一真の隠された力が解き放たれ、世界の命運をかけた人類最強戦力の闘いが始まる！巨躯の怪物、天を貫く塔、十二の王冠種―人智を超えた勢力に挑むミリオンクラウンとは！？人類再演の物語、此処に開幕！！