悪の天才科学者Ｄｒ．ヘルによって、滅亡の危機に瀕した人類。兜甲児は、スーパーロボット“マジンガーＺ”を操り、彼とその仲間の活躍により、世界は平和な時を取り戻していた。そして世紀の戦いから１０年―。科学者となった兜甲児はある日、富士山地中に埋まった超巨大遺跡インフィニティと、謎の生命体リサに遭遇する。そして、時を同じくして謎の復活を遂げたＤｒ．ヘル。彼は無限の可能性を秘めるインフィニティで、かつての野望を完遂しようとしていた。有史以来最大の危機、絶体絶命の状況の中、伝説のパイロットがマジンガーＺと共に再び立ち上がる。