東京都台東区御森。またの名をモノノケ杜と呼び、御神木に巫女が嫁入りしたという伝説があった。その末裔の百目木一華は常世の者と心を交わし妖怪と暮らす少年。同じクラスに転校してきた藤谷潤は森に迷い込んだところを一華に助けられ、仲良くなりたいと思う。しかし、なぜか「僕に近付かないように」と言われてしまう。それでも諦めず一華の家に通うのだが…。二人の少年と仲間の妖怪たちによる、怪事件謎解き青春物語。