宇宙世紀００７９。地球連邦とジオン公国の戦乱・一年戦争も、はや１０ヶ月が過ぎようとしていた。膠着状態に陥っていた地球・アジア戦線のＭＳ小隊長を命じられる新米少尉シロー。コロニーから地球への配属の途中、ジオン軍女パイロット・アイナと運命的な出会いをするのだが…。