戦国乱世の時代に全盛期を迎えた忍術。その特殊技能を身につけた忍者は戦いの帰趨を左右する重要な戦力として戦国大名に重宝された。なかでも「秘蔵の国」といわれた伊賀では「伊賀惣国一揆」が組織され、甲賀では近江六角氏の軍事力の中核を担って「甲賀五十三家」が活躍する。甲賀忍び出身で信長軍団の鉄砲隊を指揮した滝川一益、天正伊賀の乱で信長を狙撃した音羽ノ城戸、上忍として伊賀忍びを束ねた百地丹波、秀吉暗殺を企てた石川五右衛門、徳川家康に仕えた服部半蔵ら、戦国の闇に一瞬の光芒を放った忍びたちも、やがて泰平の世に消えていった。伊賀・甲賀の山河が生み育んだ「影の戦士」たちの実態に迫る。

第１部　忍び軍団興隆の謎（忍者の山河―山と信仰に守られた忍びのふるさと
伊賀流・甲賀流ルーツの謎―二大流派誕生の真相
役行者と伊賀・甲賀忍びの縁―修験道のカリスマと忍びを結ぶ糸を探る
忍び五大決戦　伊賀・甲賀衆の暗闘―鈎の陣／天正伊賀の乱／伏見籠城戦／大坂の陣、島原の乱
謎の「神君甲賀・伊賀越え」―新説・家康逃亡ルートを追う）
第２部　闇の戦士の謎と真相（伊賀忍び
甲賀忍び）