おとなしくて友達が少ない転校生のぼくは、ある日、クラスのリーダー・ケンジに誘われる。「一緒に、ロケット見にいかないか？」「一緒に、ロケット見にいかないか？」それが、ぼくらと『小惑星探査機はやぶさ』との出会いだ。はやぶさは、誰も成功したことのない、難しくて大切な役目をせおい、広い宇宙をたったひとりで旅している。迷子になったり、こわれてボロボロになりながらも、飛びつづけている…がんばれ、はやぶさ！小学上級から。

転校生の隼人はある日、クラスのリーダー・ケンジに誘われる。「ロケットの研究所、行かないか？」それが二人と「はやぶさ」の出会い。