あたしナノ。世界一のスパイをめざしてます！やってきました、日本！　学年末の学校行事でＣＳＣＯ〈サクラ学園〉−−京都の「桜ノ里」へ向かったあたしたち。敵対する忍の里「橘（たちばな）ノ里」の俺サマ忍者に気に入られて、プロポーズされちゃった！？ことわるためには里のおきてにもとづく勝負に勝たなくちゃいけないみたいだけど？そのころ一方、ＣＳＣＯには「ある重要な極秘機密情報がぬすまれた」との報が入り……。今回ナノがまきこまれるのは、ふたつの里をめぐるお家そうどう。勝敗を決するのは、里に古くからつたわる【極秘文書（スパイ・レター）】。やがて明かされるＢＳの秘密。運命はもう止まらない！大人気スパイ、日本へ参上！！京の都すべてを舞台に、スパイ学園の矜持（プライド）と己の未来を賭けた、キケンな忍（スパイ）流「陣取り合戦」の幕が上がる！！