二百年前、諸葛孔明は「天機府」という調停組織を設立し、魏、蜀、呉の三分天下を維持していた。しかし、「天機府」の大将軍である孔明の子孫－－諸葛永継が野心家たちによって殺され、天下は再び戦乱の世となった。死んだはずの諸葛永継であったが、謎の先祖の魂に取り憑かれたことにより、不思議な瞳と異能力を手に入れ復活を果たした。そして、彼と同じように、不思議な瞳と異能力を持つ武将が次々と現れ、新たな三国時代が幕を開ける。