一流錬金術師を目指す多種族の学生が通う超名門校、アースフェリア錬金術学院。錬金術が使えない特異体質でありながら、とある理由で学院に入学した少年・テオドールは、身体がじわじわと結晶化していく奇病に蝕まれた天使の少女・ユユエルと出会う。結晶化を止める手段は現状ただ一つ、テオドールの「手で触れた錬金術を無かったことにする力」をユユエルに使い続ける事。病の謎をにぎる黒幕組織の手掛かりを得るため、２人は不自然なトラブルを抱える近隣諸国の調査に乗り出すが―これは一日中触れ合いながらの生活を余儀なくされた「２人でひとつ」の錬金術師が、互いの存在を求め合い、過酷な運命に抗っていく物語。