強硬派の陰謀に、シャアは…！？ジオン中枢基地を連邦軍の襲撃から救った後、シャア達一行はジオン共和国へ到着する。しかしその間にアクシズでは強硬派の動きが活発化し、さらにマハラジャ提督が倒れてしまう。